Các công cụ, vũ khí và voi làm bằng đá, và tàn tích của các công trình kiến trúc đá lớn cung cấp bằng chứng rằng Bhutan có người cư trú từ 2000 TCN, song không có ghi chép còn tồn tại từ thời kỳ này. Các sử gia đưa ra giả thuyết rằng nhà nước của người Lhomon (nghĩa là "da đen sạm miền nam"), hoặc Monyul ("Đất ngăm đem", ám chỉ người Monpa, cư dân nguyên trú của Bhutan) có thể hiện diện từ 500 TCN đến 600 CN. Các tên gọi Lhomon Tsendenjong (Quốc gia đàn hương), và Lhomon Khashi, hoặc Nam Mon (quốc gia có bốn lối vào), được phát hiện trong các biên niên sử Bhutan và Tây Tạng.[14][15]

Phật giáo lần đầu được đưa truyền bá đến Bhutan vào thế kỷ VII CN. Tán phổ Tùng Tán Cán Bố[16] (trị vì 627–649) là một người cải sang Phật giáo, ông bành trướng Đế quốc Thổ Phồn (Tây Tạng) đến Sikkim và Bhutan,[17] hạ lệnh cho xây dựng hai chùa tại Bumthang thuộc miền trung Bhutan và tại Kyichu (gần Paro) thuộc Thung lũng Paro.[18] Phật giáo được truyền bá sốt sắng[16] vào năm 746[19] dưới thời Quốc vương Sindhu Rāja (còn gọi là Künjom;[20] Sendha Gyab; Chakhar Gyalpo), một quốc vương người Ấn lưu vong lập chính phủ trong Cung Chakhar Gutho tại Bumthang.[21]:35 [22]:13

Không rõ hầu hết lịch sử sơ khởi của Bhutan do hầu hết ghi chép bị phá hủy do hỏa hoạn tại cố đô Punakha vào năm 1827. Đến thế kỷ X, phát triển chính trị của Bhutan chịu ảnh hưởng mạnh từ lịch sử tôn giáo tại đây. Nhiều phái Phật giáo xuất hiện, được các quân phiệt người Mông Cổ khác nhau bảo trợ. Sau khi nhà Nguyên diệt vong vào thế kỷ XIV, các giáo phái này ganh đua lẫn nhau để giành quyền tối cao trong chính trị và tôn giáo, cuối cùng dẫn đến uy thế của Dòng Drukpa vào thế kỷ XVI.[18][23]

Cho đến đầu thế kỷ XVII, Bhutan gồm nhiều thái ấp tương tranh, đến lúc này khu vực được thống nhất bởi một lạt ma và thủ lĩnh quân sự người Tây Tạng là Ngawang Namgyal, ông là người đào thoát khủng bố tôn giáo tại Tây Tạng. Nhằm phòng thủ quốc gia chống lại các cuộc cướp phá không liên tục từ Tây Tạng, Namgyal cho xây một hệ thống dzong (công sự) vững chắc, và ban bố bộ luật Tsa Yig nhằm giúp đưa các lãnh chúa địa phương vào quyền kiểm soát tập trung. Nhiều dzong như vậy vẫn tồn tại và là các trung tâm hữu hiệu về tôn giáo và hành chính. Các tu sĩ Dòng Tên người Bồ Đào Nha là Estêvão Cacella và João Cabral là những người Âu đầu tiên được ghi nhận là đến Bhutan, trong hành trình đến Tây Tạng của họ. Họ diện kiến Ngawang Namgyal, dâng lên súng cầm tay, thuốc súng và kính thiên văn, và đề nghị được giúp đỡ trong chiến tranh chống Tây Tạng, song Zhabdrung từ chối đề xuất. Sau khi dành gần tám tháng tại đây, Cacella viết một bức thư dài từ Chùa Chagri kể lại về hành trình, đây là một ghi chép hiếm hoi còn tồn tại về Shabdrung.[24][25]

Sau khi Ngawang Namgyal mất vào năm 1651, việc ông qua đời được giữ bí mật trong 54 năm; sau một thời kỳ thống nhất, Bhutan lâm vào xung đột nội bộ. Đến năm 1711, Bhutan bước vào chiến tranh chống Đế quốc Mogul và phiên vương quốc Cooch Behar chư hầu của đế quốc này nằm về phía nam. Trong các hỗn loạn sau đó, người Tây Tạng tấn công bất thành Bhutan vào năm 1714.[26]

Đến thế kỷ XVIII, Bhutan xâm chiếm và chiếm đóng phiên vương quốc Cooch Behar. Năm 1772, Cooch Behar thỉnh cầu Công ty Đông Ấn Anh và được giúp đỡ đẩy lui người Bhutan và sau đó tấn công chính Bhutan vào năm 1774. Một hòa ước được ký kết, theo đó Bhutan đồng ý triệt thoái về biên giới trước năm 1730. Tuy nhiên, hòa bình trở nên mong manh và các vụ chạm trán biên giới với người Anh tiếp tục trong nhiều năm sau đó. Các vụ chạm trán cuối cùng dẫn đến Chiến tranh Duar (1864–65) nhằm tranh giành kiểm soát vùng đồng bằng và chân đồi gần biên giới Bhutan ngày nay. Sau khi Bhutan chiến bại, Hiệp định được ký kết giữa Ấn Độ thuộc Anh và Bhutan, theo đó các khu vực này bị cắt nhượng cho Anh, toàn bộ hành vi thù địch giữa Ấn Độ thuộc Anh và Bhutan kết thúc.

Trong thập niên 1870, đấu tranh quyền lực giữa hai thung lũng kình địch là Paro và Tongsa dẫn đến nội chiến tại Bhutan, kết quả chung cuộc là uy thế của Ugyen Wangchuck, ponlop (thống đốc) của Tongsa. Từ căn cứ quyền lực của mình tại miền trung Bhutan, Ugyen Wangchuck đánh bại các địch thủ chính trị của mình và thống nhất quốc gia sau một số cuộc nội chiến và khởi nghĩa trong giai đoạn 1882–85.[27]

Năm 1907, một hội đồng gồm các tăng lữ Phật giáo, quan chức chính phủ, và thủ lĩnh các gia tộc trọng yếu nhất trí lựa chọn Ugyen Wangchuck là quốc vương thế tập của quốc gia. Chính phủ Anh nhanh chóng công nhận chế độ quân chủ mới, và đến năm 1910 Bhutan ký kết Hiệp ước Punakha, một kiểu liên minh bảo hộ mà theo đó người Anh kiểm soát ngoại vụ của Bhutan và có nghĩa là Bhutan được đối đãi như một phiên vương quốc Ấn Độ. Hiệp ước ít có hiệu lực thực tế, không có tác động đến quan hệ truyền thống của Bhutan với Tây Tạng. Sau khi Ấn Độ độc lập từ Anh vào năm 1947, Bhutan trở thành một trong các quốc gia đầu tiên công nhận Ấn Độ độc lập. Ngày 8 tháng 8 năm 1949, một hiệp ước được ký kết, theo đó Ấn Độ được quyền kiểm soát ngoại vụ của Bhutan giống như Anh trước đó.[14]

Năm 1953, Quốc vương Jigme Dorji Wangchuck cho lập Quốc hội gồm 130 thành viên nhằm xúc tiến dân chủ trong cai trị. Năm 1965, ông cho lập Hội đồng Cố vấn Vương thất, và đến năm 1968 ông cho lập nội các. Năm 1971, Bhutan được nhận vào Liên Hiệp Quốc, giữ vị trí quan sát viên trong ba năm. Đến tháng 7 năm 1972, Jigme Singye Wangchuck đăng cơ sau khi cha mất.

Hệ thống chính trị của Bhutan gần đây được cải biến từ chế độ quân chủ chuyên chế sang chế độ quan chủ lập hiến Quốc vương Jigme Singye Wangchuck chuyển giao hầu hết quyền lực hành pháp của ông cho Hội đồng bộ trưởng nội các và cho phép luận tội Quốc vương bởi đa số hai phần ba trong Quốc hội.[28] Năm 1999, chính phủ dỡ bỏ lệnh cấm đối với truyền hình và Internet, khiến Bhutan là quốc gia cuối cùng du nhập truyền hình. Quốc vương nói rằng truyền hình là một bước then chốt nhằm hiện đại hóa Bhutan cũng như đóng góp lớn vào tăng trưởng hạnh phúc quốc dân,[29] song cảnh báo "lạm dụng" truyền hình có thể làm xói mòn các giá trị Bhutan truyền thống.[30]

Một bản hiến pháp mới được đệ trình vào năm 2005. Đến tháng 12 năm 2005, Quốc vương Jigme Singye Wangchuck tuyên bố ông sẽ thoái vị để nhường ngôi cho con vào năm 2008. Ngày 14 tháng 12 năm 2006, ông tuyên bố lập tức thoái vị. Các cuộc bầu cử nghị viện đầu tiên tại Bhutan diễn ra trong tháng 12 năm 2007 và tháng 3 năm 2008. Ngày 6 tháng 11 năm 2008, Jigme Khesar Namgyel Wangchuck đăng cơ làm quốc vương.[31]